信濃川と中ノ口川に囲まれる輪中地帯が区域の大部分を占める。この輪中地帯は「白根郷」と呼ばれ、隣接する亀田郷や新津郷と同様に元々は白蓮潟など低湿地が広がっていたが、排水機場の整備や用排水分離、暗渠背水など様々な試みが行われ、乾田の穀倉地帯へと変化を遂げた。なお、標高は最も高いところで約8m、最も低いところは－1 mとなっている。区域全体が起伏の少ない平坦な土地であり新潟市の区の中では唯一最高地点が10mに満たない区でもある。なお南区は新飯田 西白根付近で標高が5mを上回る場所があるが殆どは標高5m以下の低地で内陸なのに関わらず海抜ゼロメートル地帯が多い。
平均海拔：13 米
